Der Spieler schlüpft in die Rolle von Michael Thorton, einem Geheimagenten der Regierung, der zwar sehr talentiert, aber auch noch sehr unerfahren ist. Zu Beginn des Spiels kann sein Aussehen leicht modifiziert werden und im Verlaufe des Spiels macht man ihn durch die speziellen Fähigkeiten zu einem Superagenten. Im Wettlauf gegen die Zeit bereist man den ganzen Globus und erledigt gefährliche Missionen, um den Weltfrieden sicherzustellen. Dabei kann man sich nicht auf die Behörden verlassen, denn man arbeitet im Verborgenen - im Alpha Protocol - und ist auf sich alleine gestellt und kann sich nur auf seine Waffen und Fähigkeiten verlassen.
