Michael Thorton reist in Alpha Protocol um den ganzen Globus, um seine Kontaktpersonen zu treffen.

Rom
Eine Verbindung zu terroristischen Aktivitäten führt Michael Thorton nach Rom. Hier hat er allerdings keine Zeit sich die Sehenswürdigkeiten der italienischen Hauptstadt anzuschauen, sondern muss einer äußerst gefährlichen Lage Herr werden. Im Rennen gegen die Zeit muss er schwerwiegende moralische Entscheidungen treffen, um weitere Anschläge zu verhinden und gleichzeitig die globale Bedrohung erkennen, bevor es weitere unschuldige Leben kostet.

Saudi-Arabien
Der Nahe Osten ist eine Brutstätte für illegalen Waffenhandel und eine Quelle von künstlich verursachter Instabilität in der Region. Michael Thorton reist nach Saudi-Arabien, um den Schwarzmarkt aufzudekcen und herauszufinden, auf wessen Mühen die Destabilisierung des Bereiches zurückzuführen ist. Die entdeckten Geheimnisse führen ihn aber nur noch tiefer in die Verschwörung hinein.

Moskau
In Moskau untersucht Michael wie Massenvernichtungswaffen von Halbech in die Hände von Terroristen fallen konnten. Doch einige Bürger mögen es ganz und gar nicht, dass ihnen Fragen gestellt werden und man trifft auf gefährliche Feinde - von den höchsten Kreisen der Industrie bis zu den niederen Rängen ihrer zügellosen kriminellen Organisationen.

   

Taipeh
Um den amtierenden Präsidenten Ronald Sung herrscht politisches Chaos. Mike muss die dunkelsten Winkel der Stadt und ihre nobelsten Hotels erkunden - und alles was dazwischen liegt, um herauszufinden was vor sich geht. Todbringende Feinde werden natürlich versuchen die Mission zu behindern, wenn man die schäbigste Seite der Stadt erkundet und versucht Informationen aus dem Schwarzmarkt anzuzapfen, der von den ruchlosesten Bewohnern geführt wird.